Jedes Jahr im November organisiert das IKM eine vielfältige Konzertreihe, in der die zahlreichen musikalischen Facetten des Instituts und die engen Partnerschaften zu Akteuren des kulturellen und künstlerischen Lebens sichtbar werden. 

Feste Bestandteile sind die Musiknacht (veranstaltet vom Musikverein Mecklenburg-Vorpommern e.V.), die in der Regel einem bestimmten Komponisten oder einer Komponistin gewidmet ist, ein chorsinfonisches Konzert des Greifswalder Domchores, eine Orgelnacht und die Akademische Orgelstunde zum Buß- und Bettag. Hinzu kommen Kammermusik-Konzerte, Liederabende oder andere Formate, die das Programm um weitere Facette bereichern.